多组学数据生物信息分析及可视化系统
  • 仪器编号:2023066124
  • 规格:1.软件版本:v1.1;2.支持平台:Linux/web浏览器;3.系统架构:web分层系统架构;4.性能保证:支持高并发;5.安全性:支持一般安全验证;6.可扩展性:支持
  • 生产厂家:金弗康生物科技(上海)股份有限公司
  • 型号:Omicsbean
  • 制造国家:中国
  • 分类号:17020500
  • 放置地点:中南大学湘雅医院科教楼8楼机房
  • 出厂日期: 2023/10/22
  • 购置日期: 2022/12/27
  • 入网日期: 2023/12/27

1.主要规格及技术指标:

l 系统架构:web分层系统架构

l 后端技术:框架:django 1.8.7web和反向代理 服务:nginx 1.4.6,容器技术:docker 20.10.7docker-compose 1.25.4,异步任务队列:celery 3.1.18,服务器操作系统:linux

l 前端技术:框架:jQuery v2.1.3AngularJS v1.3.11Bootstrap v3.3.2,浏览器:支持绝大多数现代最新浏览器,包含ChromeFirefoxEdgeSafariIE浏览器最低支持IE 9

l 数据库: 高速缓存库:redis 3.2.1,消息队列库:rabbitmq 3.4.0,用户数据库:mysql 5.6,生信数据库:mongo 2.6.10

l 通信和集成:前端和后端通过api进行通信,后端通过celeryrabbitmq发布异步任务,通信协议标准支持HTTPREST,数据格式标准支持JSONHTTP

l 安全性:已通过第三方安全验证

l 性能优化:前端压缩cssJavaScript、图片等静态资源,加快下载速度,后端采用nginx负载均衡,处理前端请求,数据采用高速缓存,把一些常用数据加载到内存之中,提升读取速度

l 可扩展性:系统内部构建有一套标准的流程,可在该标准下添加新功能或模块

2.主要功能及特色:

该软件为搭建在Linux平台,基于pythonjsR语言开发的多组学数据生物信息分析系统,主要包含数据导入与管理,DNA/RNA测序数据预处理,生物信息的归一化、聚类分析、主成分分析、差异表达分析、通路富集分析、相关性与共表达分析、蛋白质相互作用网络、数据格式转换等常见的多组学数据分析方法,同时提供常用的统计分析方法如deseq2limmaT检验、anovapcaplsda,对分析结果提供丰富的图表以及可视化工具如热图、散点图、通路图等,并支持将分析结果导出


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